MATLAB pour les geeks » Tips and Tricks

Chut!

tug83 — Thu, 07 Feb 2013 08:57:08 +0000

ou comment faire taire MATLAB ?!
J’avais écris un logiciel avec pleins de fprintf afin de pouvoir créer un log avec diary.
Evidemment ça ralentit le process le fait de faire afficher pleins de lignes dans le Command Window.
Là l’idée c’était de pouvoir ajouter une option qui fasse que les fprintf n’affichent rien.
J’aurais pu rajouter une checkbox dans l’interface que j’aurais appelée « verbosity » . Si cette checkbow n’était pas cochée , cela signifait que l’opérateur ne voulait rien voir à l’écran.
Mais bon vu que j’en avais plus de 3000 lignes de fprintf je n’avais pas envie de faire 300 if-test du style:

if verbosity % checkbox has value 1
fprintf('\n ...')
end

La solution est en fait toute simple et ne requière aucune modification de code … (solution page suivante )

il suffit d’utilser evalc

Prenons un exemple simple où il n’ya que 2 fprintf (et pas 3000 comme dans mon cas)

function y = matlab4geek(x)
% dummy code to multiply by 3 an input
%
% Input : numerical value
% Output : input multiplied by 3
%
% Example : y = matlabgeek(2) will return 6
%
% See also why(393)
%
% Create Date : 07-Feb-2013
% Author : Aurelien QUEFFURUST
fprintf('\n %s',datestr(now))
fprintf('\n input x :%d\n',x)
y = x*3;

Si je l’execute il va m’afficher :

>>y = matlab4geek(2)

07-Feb-2013 09:51:01
input x :2

y =

6

Mais pour le faire taire il suffit de faire:

[blablabla,y] = evalc(‘matlab4geek(2)’);

Le ; est très important !

blablabla vous l’aurez compris aura capturé les lignes et y la valeur que je souhaite récupérer.

Bref donc le gars qui veut utiliser mon soft sans display il n’a qu’à l’appler via evalc et moi ça m’évite 3000 if-else à implémenter

accumarray

tug83 — Tue, 30 Oct 2012 12:17:13 +0000

En juillet 2012, j’ai ENFIN trouvé l’utilité d’utiliser accumarray… les boules pour un MATLAB geek ! Cette fonction a été introduite avec MATLAB 7.0 (R14) en même temps que les fonctions cast, intmax, intmin,…. donc il était temps de s’y coller.

Je m’étais même promis d’y arriver dans ce billet Mon premier arrayfun.

Exemple simple :

Cette matrice là par exemple 2 lignes et 3 colonnes :

B = [0 0 0
0 0 -13]

On pourrait l’écrire en une ligne en faisant

B(2,3) = -13

mais truc de fou on peut aussi l’écrire en faisant:

accumarray([2,3],-13)

Maintenant avec un exemple plus compliqué

Imaginons qu’on veuille remplir une matrice 5 lignes et 4 colonnes comme ci-dessous:

0 0 0 0
8 0 0 0
8 0 0 8
0 0 0 0
0 0 0 8

Donc on a le chiffre 8 :
en ligne 2 colonne 1
en ligne 3 colonne 1 et 4
et en ligne 5 colonne 4

On écrira donc sous MATLAB :

chiffre = 8;
ligne = [ 2 3 3 5 ];
colonne = [ 1 1 4 4 ];
accumarray([ligne(:),colonne(:)],chiffre)

bon moi je m’en sers ainsi et je pense que j’ai détourné l’idée de base d’accumarray (Construct array with accumulation)

A vrai dire les exemples de la doc me sortent des yeux et je ne vois pas comment les utiliser dans la pratique.
Donc si vous avez d’autres exemple pratiques , je suis preneur!

MathWorks Certification Program

tug83 — Mon, 22 Oct 2012 08:25:52 +0000

Si vous souhaitez être certifié comme un MATLAB geek alors voici le diplôme officiel qu’il vous faut:

Il n’y pas encore de session en France …dommage , ça se passe en Angleterre ou en Allemagne dans les bureaux de MathWorks. Plus d’infos ici

Compiler du Fortran sous Linux

tug83 — Fri, 19 Oct 2012 07:57:51 +0000

Compiler du Fortran sous Linux m’a l’air beaucoup plus simple que sous Windows !

En revanche je me suis chopé l’erreur suivante:

version `GFORTRAN_1.4′ not found

Voici l’erreur que j’ai eue en R2011b, R2012a et R2012b après avoir mexé avec succès :

/usr/local/MATLAB/R2012b/bin/glnxa64/../../sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3: version `GFORTRAN_1.4′ not found

La solution qui fonctionne pour Ubuntu 11.10 (Oneiric Ocelot) et Ubuntu 12.04 (Precise Pangolin) :

Vous localisez la version 3.0.0 en faisant dans un terminal

locate libgfortran

moi c’était sous 64-bits :

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3.0.0

en 32-bits ce serait :

/usr/lib/i386-linux-gnu/libgfortran.so.3.0.0

bref ensuite vous faites le lien vers matlabroot/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3 :

sudo ln -sf /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3.0.0 /usr/local/MATLAB/R2012b/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3

et c’est gagné!
Sous Ubuntu 10.10 , 11.04 en revanche non

Problème de font sous Ubuntu 12.04

tug83 — Wed, 17 Oct 2012 09:48:23 +0000

En R2011b , R2012b …
sous Ubuntu 12.04 bref changer la taille via fontsize ou mettre en gras via fontweight n’a pas d’effet

La solution est la suivante :

sudo apt-get install xfonts-100dpi xfonts-75dpi

… de rien

Compiler du Fortran sous Windows (part2)

tug83 — Tue, 16 Oct 2012 07:03:40 +0000

Suite de mon article Compiler du Fortran sous Windows il y a maintenant un bug report (très succinct à mon gout vu qu’il ne donne pas de solution) : In MATLAB 8.0 (R2012b), mex -setup cannont find Intel Visual Fortran Composer XE 2011 with Windows SDK 7.1 compiler on 32-bit Windows.

Doc en R2012b

tug83 — Thu, 11 Oct 2012 07:25:50 +0000

Parce que vous n’aimez pas le nouveau format HTML de la doc en R2012b, parce que vous trouvez que c’est lent ou que ça gèle votre MATLAB , vous avez envie de retrouver l’ancien format HTML .

Voici la commande magique :

com.mathworks.mlwidgets.html.HtmlComponentFactory.setDefaultType('HTMLRENDERER')

Ca fait disparaitre le champ Documentation Location :

cette option est automatiquement sauvegardée à chaque session MATLAB.

Pour revenir à la version officielle R2012b , remplacer ‘HTMLRENDERER‘ par une chaine vide :

com.mathworks.mlwidgets.html.HtmlComponentFactory.setDefaultType('')

ce qui fait réapparaitre le champ Documentation Location :

Compiler du Fortran sous Windows

tug83 — Wed, 10 Oct 2012 07:20:14 +0000

Compiler du Fortran sous Windows :

Situation :
- Windows XP 32-bit
– 2 versions MATLAB R2011b et R2012b

Pour faire simple , sans le support technique de MathWorks, il est impossible de compiler par exemple l’exemple timestwo.F ([matlabroot ‘\extern\examples\refbook\timestwo.F’]). Donc un grand merci au gars qui m’a aidé!! … entre nous c’est un bug MATLAB qui est à la cause de tout ça

Prérequis :
Avoir le compilateur Fortran qui va bien en R2011b et R2012b:
Intel Visual Fortran Composer XE 2011

Information qu’on retrouve sur le site du support :
compilateur 12b supporté
compilateur 11b supporté

La bonne nouvelle financière c’est qu’avoir Microsoft Windows SDK 7.1 est suffisant .
Une fois la trial téléchargée sur le site d’Intel , on peut commencer à mexer.

Voilà ce qui arrive en faisant un mex -setup:

mex -setup

Welcome to mex -setup. This utility will help you set up
a default compiler. For a list of supported compilers, see

http://www.mathworks.com/support/compilers/R2012b/win32.html

Please choose your compiler for building MEX-files:

Would you like mex to locate installed compilers [y]/n? y

Select a compiler:
[1] Lcc-win32 C 2.4.1 in F:\R2012b\sys\lcc
[2] Microsoft Software Development Kit (SDK) 7.1 in C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 10.0
[3] Microsoft Visual C++ 2005 SP1 in C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 8

[0] None

votre compilateur Intel n’apparait pas …

Donc vous recommencez et cette fois ci à la question Would you like mex to locate installed compilers [y]/n? , vous répondez non .

A ce moment là apparait la liste des compilateurs supportés en R2012b:

Select a compiler:
[1] Intel C++ 12.0 (with Microsoft Software Development Kit (SDK) linker)
[2] Intel C++ 12.0 (with Microsoft Visual C++ 2008 SP1 linker)
[3] Intel C++ 12.0 (with Microsoft Visual C++ 2010 linker)
[4] Intel C++ 11.1 (with Microsoft Visual C++ 2008 SP1 linker)
[5] Intel Visual Fortran 12 (with Microsoft Software Development Kit (SDK) linker)
[6] Intel Visual Fortran 12.0 (with Microsoft Visual C++ 2008 SP1 linker)
[7] Intel Visual Fortran 12.0 (with Microsoft Visual C++ 2008 Shell linker)
[8] Intel Visual Fortran 12.0 (with Microsoft Visual C++ 2010 linker)
[9] Intel Visual Fortran 11.1 (with Microsoft Visual C++ 2008 SP1 linker)
[10] Intel Visual Fortran 11.1 (with Microsoft Visual C++ 2008 Shell linker)
[11] Lcc-win32 C 2.4.1
[12] Microsoft Software Development Kit (SDK) 7.1
[13] Microsoft Visual C++ 2005 SP1
[14] Microsoft Visual C++ 2008 SP1
[15] Microsoft Visual C++ 2010
[16] Open WATCOM C++

[0] None

Vous choisissez donc le 5 :

Compiler: 5

Warning: The default location for Intel Visual Fortran compiler is:
« C:\Program Files (x86)\Intel\ComposerXE-2011″
but either that directory does not exist or the configuration
is invalid.

Use C:\Program Files (x86)\Intel\ComposerXE-2011 anyway [y]/n? y

Please verify your choices:

Compiler: Intel Visual Fortran 12
Location: C:\Program Files (x86)\Intel\ComposerXE-2011

Are these correct [y]/n? y

Trying to update options file: D:\Documents and Settings\quefaurs\Application Data\MathWorks\MATLAB\R2012b\mexopts.bat
From template: F:\R2012b\bin\win32\mexopts\intelf12mssdk71opts.bat

Done . . .

Donc déjà j’aurais du le sentir que ça n’allait pas marcher vu le warning précédent:

Warning: The default location for Intel Visual Fortran compiler is:
« C:\Program Files (x86)\Intel\ComposerXE-2011″
but either that directory does not exist or the configuration
is invalid.

Et en effet mex timestwo.F me sort :

Could not find the compiler « ifort » on the DOS path

Donc on recommence les étapes précédentes et cette fois ci à la question:
Use C:\Program Files (x86)\Intel\ComposerXE-2011 anyway [y]/n?
on répond non et on met le chemin exact où ma variable d’environnement PATH me l’indique c’est à dire:
C:\Program Files\Intel\Composer XE 2011 SP1

Cette fois ci je compile avec succès du Fortran. En revanche à chaque fois que je redémarre la 12b , je dois me retaper toutes les étapes précédentes . Donc pour que MATLAB comprenne que vous avez bel et bien un compilateur Fortran installé il faut demander à MathWorks le fichier intelf12mssdk71opts.stp . En voici un extrait :

#===================================================================
# intelf12mssdk71opts: Define where the Intel Visual Fortran 12.0
# compiler is installed. Also sets language, version, and
# environment variables.
#===================================================================

Ensuite il faut copier ce fichier dans $MATLAB\bin\win32\mexopts\ (ce qui revient à écraser l’existant)

Cette fois-ci des que vous taperez mex -setup, le compilateur Fortran apparaitra:

Would you like mex to locate installed compilers [y]/n? y

Select a compiler:
[1] Intel Visual Fortran 12 (with Microsoft Software Development Kit (SDK) linker) in C:\Program Files\Intel\Composer XE 2011 SP1\
[2] Lcc-win32 C 2.4.1 in F:\R2012b\sys\lcc
[3] Microsoft Software Development Kit (SDK) 7.1 in C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 10.0
[4] Microsoft Visual C++ 2005 SP1 in C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 8

[0] None

Compiler:

Gagné!

Pour que ça puisse marcher aussi en R2011b, il vous faudra copier les 2 fichiers intelf12mssdk71opts.bat et intelf12mssdk71opts.scp de la R2012b dans le répertoire 11b équivalent : $MATLAB\bin\win32\mexopts\

Là franchement il faut avouer que compiler du Fortran n’est pas trivial du tout quand l’installation à la base est erronée. Enfin bon avec tout ça maintenant plus de problème.

Liens utiles:
Why can’t I use Intel Fortran Composer XE 2011 compiler with Microsoft Software Development Kit 7.1 linker for MEX-files in R2011b? bug report qui devrait être remis à jour suite à mon Service Request .

Télécharger le compilateur Fortran Studio XE 2013 pour Windows

Une seule bar couleur

tug83 — Thu, 27 Sep 2012 09:43:24 +0000

Comment colorier une seule barre ?

C’est assez tricky croyez moi et plusieurs solutions existent sur le site de TMW :

How do I change the color in each bar of a plot in MATLAB?
How do I define colors for individual bars on my bar graph according to their values in MATLAB 7.1 (R14SP3) ?
How do I change the color of each bar in a plot if I do not have bar groups in MATLAB 7.6 (R2008a) ?

voilà moi comment je fais, ma solution est simple je trouve et utilise facevertexcdata :

%% Create n bars
n = 10;
mydata= 1 :n;

%% get the children
bar_h=bar(mydata);
bar_child=get(bar_h,'Children')

%% par defaut les barres sont bleues moi je les mets à violet pour le fun
violet = [0.514 0.38 0.482]
couleurs = repmat(violet ,n,1)
couleurs (6,:) =[1 0 0] % et la sixieme bar je la mets en rouge !

set(bar_child, 'facevertexcdata',couleurs)

voilà j’espère que ça vous servira !

Occurences dans un vecteur (suite)

tug83 — Thu, 19 Jul 2012 08:58:30 +0000

Hier je vous montrais comment avec nnz calculer le nombre d’occurrences d’un nombre dans un vecteur:
A = [1 2 33 4 33 33 5 33 6 7 8 9]

La limitation de ce trick est lorsque le vecteur contient des NaN.

Exemple :

A = [1 2 33 4 33 33 5 33 6 7 8 9 NaN NaN]

en effet
nnz(A==NaN)
retourne zéro …