En allant dans le menu File-> Preferences ->Code Analyser , la section MATLAB Compiler (Deployment) Messages affiche les messages suivants :

Par exemple on peut lire qu’entre autres les commandes HELP, ADDPATH, KEYBOARD ne sont pas autorisées lorsqu’on compile.

La solution est d’utiliser la combinaison de deux commandes : isdeployed et ismcc.
Alors attention la documentation de ismcc est fausse jusqu’en R2011b :

En effet l’exemple est contradictoire . On veut faire son addpath que dans l’environnement MATLAB , donc un tild après le if manque.
On devrait lire plutot:

if ~(ismcc || isdeployed)
addpath(fullfile(matlabroot,’work’));
end

dans la Prerelease R2012a ceci est corrigé.

Conclusion , ne supprimer pas ces messages du M-lint mais ajouter plutôt un if-test comme ci-dessus , c’est à dire ~(ismcc || isdeployed)